Vznik farnosti 

Štefan I. založil po roku 1000 ostrihomské arcibiskupstvo, ktoré sa takmer celé rozprestieralo na slovenskom etnickom území. Od Nitry smerom na Krakov ležal nitriansky archidiakonát, do ktorého bola začlenená farnosť Tvrdošín. Tvrdošínska farnosť preto odovzdávala desiatky zoborskému opátovi. Podľa Marsinu (1971) prvá zmienka o Tvrdošíne je v zoborskej listine z r. 1111. (Codex diplomaticus et epistolaris Slovaciae I.). Podľa Šaškyho sa už v r. 1113 spomína, že na trase poľskej cesty bol majetok zoborských benediktínov v Kláštore pod Znievom a strážna veža v Tvrdošíne, pri ktorej sa vyberalo mýto. Šmálik z toho usudzuje, že už v tom období tu museli byť počiatky farnosti Tvrdošín. Zriadenie hlavnej colnej stanice, neskoršej tricezimy v Tvrdošíne, popri ostatných desiatich, ktoré boli v Uhorsku, sa predpokladá, že Tvrdošín bol už vtedy rozvinutou obcou. Pápež Ján XXII. poslal v r. 1311 z Avignonu do Uhorska dvoch legátov – Raimunda de Bonofato a Jakuba Berengaria, aby vyberali štvrťročné desiatky z príjmov duchovných na pomoc Svätej zemi, ako aj na výdavky výprav podniknutých proti odporcom a nepriateľom viery. O svojom rozhodnutí upovedomil pápež kráľa Karola Róberta (1308 – 1342) a ostrihomského arcibiskupa Čanada (1330 – 1349). Raimund pochodil za dva roky (1332 – 1333) celé ostrihomské arcibiskupstvo, do ktorého patril aj Tvrdošín. Raimundove poznámky sa podľa Šmálika zachovali v tajnom vatikánskom archíve. Legát našiel na Orave dve farnosti, ktoré tu vtedy existovali a to farnosť Aravia (Oravský Podzámok) a farnosť Turdesen (Tvrdošín). V Aravii, na zámku bol farárom Martin (kostol bol tu vtedy podľa historických záznamov v najvyššej časti Oravského zámku V Tvrdošíne bol kňaz Peter, ktorý mal príjem 1 hrivnu striebra a zaplatil 6 grošov. Keďže to boli desiatky z celej úrody, dá sa vypočítať, aká bola celková úroda v Tvrdošíne. Táto činila desať hrivien, čo bola hodnota, za ktorú bolo možné v tom období kúpiť 10 párov volov alebo 40 párov bravov. Podľa Pajdušáka a Buššu fara v Tvrdošíne sa uvádza v listinách až v roku 1397, ale – ako zdôrazňujú spomínaní autori.

Obdobie protestantizmu na Slovensku a v Tvrdošíne

Protestantizmus na Slovensku šírili nemeckí kolonizátori zakladajúci niektoré mestá, najmä na Spiši a podporovala ho aj uhorská šľachta. V prípade Tvrdošín a Oravy vôbec, to boli Thurzovci. Podľa Šmálika boli v r. 1560 na Orave len tieto farnosti: Tvrdošín, Trstená, Sedliacka Dubová, Kubín , Veličná a Žaškov. Novozaložené obce, za Oravskou Magurou, dostali faru v Lokci, v r. 1565. Ostrihomský arcibiskup M. Olah (1553 – 1563) chcel poznať náboženský stav arcidiecézy podľa smerníc Tridentského snemu preto poslal vizitátorov do všetkých farností, aby zistili, aký je tam náboženský stav. V Tvrdošíne boli v tomto období dve vizitácie a to v r. 1559 a v r. 1560. V r. 1559 bol v Tvrdošíne farárom Šimon Poliak a v r. 1560 Michal. Patrocínium kostola na námestí bolo Všetkých svätých. Sviatosti sa tu vysluhovali katolíckym spôsobom. Za čias spravovania farnosti kňazom Michalom je poznamenané, že niektorí veriaci si žiadali prijímať pod obidvoma spôsobmi. Spovedali podľa starého spôsobu, zatiaľ čo, napríklad v Žaškove, už bola hromadná spoveď. Obidvaja kňazi boli ženatí, podobne i na iných farách, ale to neznamenalo, že boli protestanti, pretože kráľ Ferdinand I. podal na Tridentský snem žiadosť o povolenie ženby pre kňazov. Okrem toho kráľ žiadal aj povolenie prijímať pod spôsobom vína, lebo tým chcel získať českých utraqistov, čiže kališníkov. Snem sa skončil až v r. 1563. Kňazi v nádeji, že to bude povolené sa poženili, ale snem žiadosť zamietol, teda zamietol aj porušenie celibátu. Podobne aj podávanie sv. prijímania pod obojím spôsobom . Spomínaný kostol Všetkých svätých v Tvrdošíne bol na námestí, ktorý zhorel. Oltár bol prevezený do dreveného kostola na miestnom cintoríne, ktorý bol pôvodne zasvätený Sedembolestnej Panne Márii, ale podľa premiestneného oltára prešlo naň patrocínium Všetkých svätých. Podľa Zocha existovala v Tvrdošíne od roku 1551 – 1706 tvrdošínska evanjelická cirkev. Ako prvý evanjelický farár v Tvrdošíne sa spomína v r. 1577 Michal Rozenberský, ktorého dosadil ešte František Thurzo. 

Rekatolizácia farnosti Tvrdošín

V tom čase nebolo na Orave katolíckeho kňaza, i keď časť obyvateľov Oravy bola katolíckeho vierovyznania. Náboženské úkony (krsty, pohreby a pod.) konali licenciáti – laickí katechéti, ktorí prichádzali na Oravu zo Spiša (napr. z Novej Belej) a iných spišských obcí. V tom období bolo v Tvrdošíne niekoľko katolíckych rodín. Boli to najmä ľudia pracujúci pri tricezime, ktorí nepodliehali zemepánovi, ale priamo kráľovi. Medzi nimi sa vyznačoval Matej Rokoš, ktorý sa v týchto časoch exponoval za katolicizmus. Oravskí katolíci sa dožadovali svojho kňaza na sneme v Bratislave. Z príkazu kráľa Ferdinanda III. (1637 – 1657) boli vymenovaní misijní administrátori. Boli to pravdepodobne bratia: Ján Kvasnievsky, ktorý bol vymenovaný pre Tvrdošín a Trstenú a Jakub Roman Kvasnievsky, pre Nižnú, Sedliacku Dubovú a Zákamenné. Pre odpor Thurzovcov museli však v tejto misijnej činnosti prestať. Ako píše Bušša (1967), na zákrok spišského prepošta zaručil na Orave gróf Thököly už slobodné vyznávanie viery 29.3.1650 a v r. 1651 mu uložil kráľ vyznačiť miesta pre kostoly katolíkov. Na žiadosť katolíkov bol ustanovený stály katolícky kňaz pre Oravu – Ján Ščechovič, z Ratulova,(dnes na území Poľska), ktorý sa usadil v r. 1653 v Čimhovej. Pôsobil tu ako vicearchidiakon (dekan). Superintendent Joachim Kalinka napísal o tom vo svojej vizitácii: “ Vystaven kostel v Čimhové, kam mnohé dědiny ku všem obradúm pristupují”. V Tvrdošíne Ščechovič slúžil bohoslužby v dome Mateja Rokoša, kde mal uložené veci potrebné pre bohoslužby, iba kalich si donášal duchovný z Čimhovej. Toto spomína Ščechovič vo svojom testamente, ktorý napísal 1.4.1659 v obci Oravka, kde potom 25. 5.1659 zomiera a kde je aj pochovaný. Šmálik konštatuje, že postupnou katechizáciou bolo všetko obyvateľstvo Tvrdošína katolíckeho vyznania. Určité obdobie sa obyvatelia evanjelického vyznania udržali v Medvedzí a v Zemianskej Dedine, a to u zemianskych rodín. Hovorí, že k upevneniu katolíckej viery na Orave dopomohlo aj to, že niektoré dcéry palatína Juraja Thurzu sa vydali za katolíckych šľachticov a potom podporovali už katolíkov.